Первые официальные упоминания о городе датируются 1789 годом. Комрат был основан колонистами-переселенцами: гагаузами, болгарами, греками, евреями и людьми других национальностей. В 1812 году Бессарабия (вместе с Комратом) вошла в состав России. В 1820 году был основан Комратский кафедральный собор.

  В 1906 году крестьяне села Комрат Бендерского уезда начали борьбу за раздел помещичьих земель, арестовали чиновников местной власти и провозгласили Комратскую республику, которая просуществовала всего 5 дней. Это восстание было подавлено царскими войсками.

  Статус города Комрат получил в 1957 году.

   Во времена МССР в городе функционировали заводы: маслодельный, винодельческий, железобетонных изделий; работало производство безворсовых ковров с молдавским национальным орнаментом. В 1970 году население составляло 22 тыс. жителей, а в 1989 — 26 тыс. человек.

  В 1991 году в Комрате открылся Национальный университет. Первым ректором был Иван Кристиогло. В начале было введено преподавание 16 дисциплин на русском языке, а также предметов на гагаузском, болгарском и молдавском языках.

  В 1995 году по решению населения Гагаузии Комрат стал столицей автономии.