Data primei atestări documentare a oraşului Comrat este foarte contraversată. Astfel, unii consideră că oraşul a apărut în 1789, alţii – în a doua jumătate a sec. XVIII, inclusiv în Enciclopedia Sovietică Moldovenească se scrie că oraşul a apărut la răscrucea secolelor XVIII-XIX. Însă cercetătorul istoriei localităţilor basarabene Vladimir Nicu a găsit un document, care atestă Comratul la 27 mai 1443. Oricum, la începutul sec. XIX Comratul era un sătuc micuţ, însă noile autorităţi ruseşti care au venit aici printr-un decret au declarat că satul a fost înfiinţat în timpul războiului din 1806-1812.

   În anul 1819 apare alt decret în care se spune că satul se colonizează cu bulgari şi alte naţionalităţi veniţi de peste Dunăre. În 1835 Comratul avea o şcoală, una din cele mai vechi dintre şcolile săteşti, iar în anul 1878 aceasta devine şcoală de 2 clase. În anul 1840 este edificată Catedrala Sf. Ioan, în prezent important monument de arhitectură, care după frumuseţea ei arheologică şi calitatea liturgiilor care se oficiază este una din cele mai faimoase din Moldova.

   În anul 1878 se deschide o şcoală ministerială şi tot în acelaşi an şcoală primară este transforamtă în şcoală parohială. La începutul secolului XX, Comratul avea peste 8.600 locuitori. Aici se construieşte spitalul local care avea 5 saloane cu 16 paturi. După cel de al doilea război mondial, orăşelul creşte vertiginos. Se dezvoltă industria alimentară. Funcţionează 10 organizaţii de construcţie, se construieşte rezervorul de apă de pe râul Ialpug cu o suprafaţă de 170 ha. În prezent oraşul Comrat este centrul administrativ au Unităţii Teritoriale Autonome Găgăuzia.