Municipiul dispune de două aeropoturi: Aeroportul Internaţional Bălţi-Leadoveni şi Aeroportul Bălţi-Oraş.

   Aeroportul Internaţional Bălţi-Leadoveni este operaţional, dar se foloseşte doar pentru curse neregulat. În prezent, aeroportul este nefuncţional din punct de vedere al zborurilor comerciale. Aceasta deoarece niciun operator aerian naţional sau străin nu s-a arătat interesat în operarea de pe acest aeroport. Au existat câteva tentative de reanimare a aeroportului, prin „recomandări” insistente în adresa Air Moldova de a executa zboruri de pe acest aeroport. Această situaţie este dictată şi de absenţa condiţiilor necesare de operare în aeroport, dar şi caracterul limitative al pieţei din Republica Moldova. Ceea ce reprezintă în continuare impedimente pentru relansarea acestui aeroport.

   Din 1992 au existat tentative de organizare a curselor regulate din Balţi spre Moscova, însă, au fost anulate din motive economice.

   Aeroportul Bălţi-Oraş este utilizat pentru zboruri locale, servind agricultorii, gospodăria comunală.